Sejarah modern dari Kepulauan Seribu dimulai dengan perannya dalam pertahanan kota Batavia untuk VOC dan kekaisaran kolonial Belanda. Sejak berdirinya Batavia tahun 1610, pulau Onrust telah menjadi pangkalan angkatan laut.
Setelah VOC gagal untuk mendapatkan kontrol perdagangan di Banten tahun 1610, izin yang diperoleh Belanda dari Pangeran Jayakarta untuk membangun dermaga di salah satu pulau di Teluk Jakarta sebagai tempat untuk memperbaiki dan melengkapi kapal berlayar ke Asia, khususnya Asia Tenggara. Pulau Pangeran Jayakarta ditugaskan ke VOC adalah Pulau Onrust, yang 12 hektar pulau 14 km dari Jakarta.
Pada tahun 1615 VOC membangun sebuah galangan kapal dan sebuah rumah penyimpanan kecil di pulau, Jan Pieterszoon Coen yang berharap pada akhirnya akan berkembang menjadi perdagangan dan basis pertahanan terhadap ancaman dari Banten dan Inggris (1618). VOC membangun benteng persegi panjang kecil dengan dua benteng pada tahun 1656,. Benteng pertahanan menonjol dari benteng dan digunakan sebagai melihat-out posting. Belanda diperbesar benteng pada 1671 dan memberikannya bentuk pentagonal asimetris dengan benteng di masing-masing sudut. Seluruh struktur terbuat dari batu bata merah dan karang. Pada 1674 bangunan penyimpanan tambahan dibangun.
Pada 1795, posisi Belanda di Batavia menjadi sangat tidak menentu karena perang di Eropa, dan situasi menjadi lebih buruk dengan munculnya pada tahun 1800 dari skuadron angkatan laut Inggris di bawah komando Kapten Henry Lidgbird Bola HMS Daedalus. Daedalus, HMS Sybille, HMS Centurion dan HMS Braave memasuki daerah, yang mereka disebut sebagai Jalan Batavia. Mereka menyita lima kapal bersenjata Belanda dan menghancurkan 22 kapal lainnya. Onrust Pulau dikepung oleh Inggris dan akhirnya hancur.
Setelah meninggal Inggris, Belanda membangun kembali bangunan dan fasilitas, menyelesaikan pekerjaan pada tahun 1806. Namun, serangan Inggris kedua, dipimpin oleh Admiral Edward Pellew, lagi dihancurkan benteng. Ketika Batavia diduduki Inggris pada tahun 1810, mereka diperbaiki bangunan di pulau Onrust sampai sebelum meninggalkan mereka Indonesia pada tahun 1816.
Onrust Pulau lagi mendapat perhatian pada tahun 1827 selama periode Gubernur Jenderal Van Der Capellen GABaron dan kegiatan di pulau itu normal kembali pada tahun 1848. Pada tahun 1856 sebuah galangan kapal floating dibangun. Namun, pembangunan pelabuhan Tanjung Priok pada tahun 1883 mengakibatkan penurunan peran dan pentingnya pulau Onrust.
Pada 1911-1933, pulau Onrust menjadi sebuah stasiun karantina bagi para peziarah yang kembali dari ibadah haji. Sebuah barak dibangun pada tahun 1911 yang berisi 35 unit untuk sekitar 100 jamaah. Dari 1933 sampai 1940, Onrust digunakan Belanda untuk menahan para pemberontak yang terlibat dalam Insiden dari Tujuh Kapal (Zeven Provincien). Pada tahun 1940, Belanda digunakan untuk menahan Jerman, seperti Steinfurt, yang merupakan Administrator Kepala Pulau Onrust. Setelah Jepang menyerbu Indonesia pada tahun 1942, peran Onrust Pulau menurun lagi dan itu menjadi penjara bagi penjahat yang serius.
Setelah Indonesia memproklamirkan kemerdekaannya, pulau itu menjadi sakit lepra di bawah kendali Departemen Kesehatan Indonesia, sampai tahun 1960. Sakit lepra kemudian pindah ke Posting VII di Tanjung Priok.
Setelah kudeta oleh Jenderal Suharto, Chris Soumokil, yang telah dinyatakan sebagai Republik Maluku Selatan dengan dirinya sebagai presiden, ditangkap dan ditahan di Onrust. Kemudian ia dieksekusi di sana pada tanggal 21 April 1966, atas perintah Presiden Soeharto.
Pada tahun 1972 Ali Sadikin, maka Gubernur DKI Jakarta, menyatakan Pulau Onrust sebuah situs sejarah yang dilindungi. Pada tahun 2002 pemerintah membuat Onrust dan tiga tetangga - pulau Cipir, Kelor dan Bidadari - sebuah taman arkeologi untuk melindungi artefak dan reruntuhan di pulau-pulau yang tanggal kembali ke waktu Perusahaan India Timur Belanda.
Setelah VOC gagal untuk mendapatkan kontrol perdagangan di Banten tahun 1610, izin yang diperoleh Belanda dari Pangeran Jayakarta untuk membangun dermaga di salah satu pulau di Teluk Jakarta sebagai tempat untuk memperbaiki dan melengkapi kapal berlayar ke Asia, khususnya Asia Tenggara. Pulau Pangeran Jayakarta ditugaskan ke VOC adalah Pulau Onrust, yang 12 hektar pulau 14 km dari Jakarta.
Pada tahun 1615 VOC membangun sebuah galangan kapal dan sebuah rumah penyimpanan kecil di pulau, Jan Pieterszoon Coen yang berharap pada akhirnya akan berkembang menjadi perdagangan dan basis pertahanan terhadap ancaman dari Banten dan Inggris (1618). VOC membangun benteng persegi panjang kecil dengan dua benteng pada tahun 1656,. Benteng pertahanan menonjol dari benteng dan digunakan sebagai melihat-out posting. Belanda diperbesar benteng pada 1671 dan memberikannya bentuk pentagonal asimetris dengan benteng di masing-masing sudut. Seluruh struktur terbuat dari batu bata merah dan karang. Pada 1674 bangunan penyimpanan tambahan dibangun.
Pada 1795, posisi Belanda di Batavia menjadi sangat tidak menentu karena perang di Eropa, dan situasi menjadi lebih buruk dengan munculnya pada tahun 1800 dari skuadron angkatan laut Inggris di bawah komando Kapten Henry Lidgbird Bola HMS Daedalus. Daedalus, HMS Sybille, HMS Centurion dan HMS Braave memasuki daerah, yang mereka disebut sebagai Jalan Batavia. Mereka menyita lima kapal bersenjata Belanda dan menghancurkan 22 kapal lainnya. Onrust Pulau dikepung oleh Inggris dan akhirnya hancur.
Setelah meninggal Inggris, Belanda membangun kembali bangunan dan fasilitas, menyelesaikan pekerjaan pada tahun 1806. Namun, serangan Inggris kedua, dipimpin oleh Admiral Edward Pellew, lagi dihancurkan benteng. Ketika Batavia diduduki Inggris pada tahun 1810, mereka diperbaiki bangunan di pulau Onrust sampai sebelum meninggalkan mereka Indonesia pada tahun 1816.
Onrust Pulau lagi mendapat perhatian pada tahun 1827 selama periode Gubernur Jenderal Van Der Capellen GABaron dan kegiatan di pulau itu normal kembali pada tahun 1848. Pada tahun 1856 sebuah galangan kapal floating dibangun. Namun, pembangunan pelabuhan Tanjung Priok pada tahun 1883 mengakibatkan penurunan peran dan pentingnya pulau Onrust.
Pada 1911-1933, pulau Onrust menjadi sebuah stasiun karantina bagi para peziarah yang kembali dari ibadah haji. Sebuah barak dibangun pada tahun 1911 yang berisi 35 unit untuk sekitar 100 jamaah. Dari 1933 sampai 1940, Onrust digunakan Belanda untuk menahan para pemberontak yang terlibat dalam Insiden dari Tujuh Kapal (Zeven Provincien). Pada tahun 1940, Belanda digunakan untuk menahan Jerman, seperti Steinfurt, yang merupakan Administrator Kepala Pulau Onrust. Setelah Jepang menyerbu Indonesia pada tahun 1942, peran Onrust Pulau menurun lagi dan itu menjadi penjara bagi penjahat yang serius.
Setelah Indonesia memproklamirkan kemerdekaannya, pulau itu menjadi sakit lepra di bawah kendali Departemen Kesehatan Indonesia, sampai tahun 1960. Sakit lepra kemudian pindah ke Posting VII di Tanjung Priok.
Setelah kudeta oleh Jenderal Suharto, Chris Soumokil, yang telah dinyatakan sebagai Republik Maluku Selatan dengan dirinya sebagai presiden, ditangkap dan ditahan di Onrust. Kemudian ia dieksekusi di sana pada tanggal 21 April 1966, atas perintah Presiden Soeharto.
Pada tahun 1972 Ali Sadikin, maka Gubernur DKI Jakarta, menyatakan Pulau Onrust sebuah situs sejarah yang dilindungi. Pada tahun 2002 pemerintah membuat Onrust dan tiga tetangga - pulau Cipir, Kelor dan Bidadari - sebuah taman arkeologi untuk melindungi artefak dan reruntuhan di pulau-pulau yang tanggal kembali ke waktu Perusahaan India Timur Belanda.